Perbedaan Metode Sequencing DNA

Sequencing DNA menjadi dasar perkembangan ilmu pengetahuan, seperti genetika, bioteknologi, genomik, dan biomolekuler. Tujuan dari teknologi ini, ialah untuk menentukan urutan basa nitrogen molekul DNA.

Salah satu, aplikasi dari sequencing DNA, yakni Human Genome Project yang mana suatu proyek pengurutan genom manusia. Perkembangan sequencing DNA diawali di tahun 1970 dengan metode kromatografi, lalu diperkenalkan metode dye-based sequencing. Bahkan, terdapat beberapa metode sequencing DNA yang telah digunakan hingga saat ini.

Perbedaan metode Sequencing DNA Sanger dan NGS

Sanger sequencing dan Next Generation Sequencing (NGS) merupakan dua jenis metode sekuens nukleotida yang dikembangkan dari waktu ke waktu. Metode sanger dan modifikasinya telah digunakan salama 30 tahun. 

Metode sanger ialah metode sequencing DNA pertama yang digunakan. Metode ini, menggunakan DNA templet dan memerlukan primer spesifik untuk sekuensingnya.

Panjang sekuen yang dihasilkan dari metode tersebut, tidak mencapai lebih dari 2000 bp, yakni berkisar antara 1000 – 2000 pasang basa (bp). Agar mendapatkan sekuen lebih panjang, perlu dikembangkan dengan emtode shotgun.

Metode shotgun yang mana menggunakan enzim restriksi untuk memotong DNA templat lalu fragmen DNA diklon pada vector sekuensing, individu fragmen DNA setiap klon diurutkan terpisah. Prinsip metode Sanger bekerja pada proses penghentian rantai dikarenakan penggabungan selektif dideoksinukleotida oleh enzim DNA polymerase selama replikasi DNA. Berikutnya, menghasilkan pemisahan fragmen oleh kapiler elektroforesis.

sequencing DNA dengan metode sanger

Tahapan sekuensing DNA menggunakan Metode Sanger

 

Setelah metode Sanger dilanjutkan generasi berikutnya, yaitu Next Generation Sequencing (NGS). Metode NGS ialah revolusi dari sekuensingg DNA. Hal ini disebabkkan, NGS dapat menghasilkan data sekuen dalam jumlah yang besar dengan waktu yang relative singkat dibandingkan dengan metode Sanger.

Selain itu, proses dari NGS juga berkecpatan tinggi, lebih akurat, dan hemat. Hal ini dikarenakan, dapat dilakukan dengan ukuran sampel yang kecil. Di sisi lain, NGS menghasilkan panjang sekuen DNA berkisar 50 – 500 bp.

Dengan demikian, sequencing tiap fragmen DNA mesti dilakukan lebih dari sekali ukuran genom (genome sequence coverage). Untai DNA atau RNA (jutaan) dapat diurutkan secara paralel sehingga pengurutan seluruh genom organisme dapat dilakukan dalam waktu singkat. 

Tiga teknologi utama NGS yang ada, yaitu Roche/454 pyrosequencing platform, illumine Solexa polymerase sequencing platform, dan ABI/SOLID ligase sequencing technology. Metode NGS terdiri atas empat prinsip sekuensing utama DNA, antara lain pyrosequencing, sequencing dengan sintesis, sequencing dengan ligase, dan sekuens semikonduktor ion. Di samping itu, aplikasi NGS dapat digunakan untuk studi metagenomic, mendeteksi variasi genom suatu individu akibat penyisipan ataupun penghapusan, untuk analisis ekspresi gen, dan lainnya.

Sequencing DNA dengan NGS

Tahapan proses Next Generation Sequencing (NGS)

 

0 replies

Leave a Reply

Want to join the discussion?
Feel free to contribute!

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *