DNA recovery merupakan proses memperoleh kembali DNA dari suatu sampel setelah tahapan ekstraksi, purifikasi, elektroforesis, atau preparasi library.
DNA recovery adalah proses penting dalam bidang forensik, biologi molekuler, dan antropologi untuk mengekstraksi dan memulihkan materi genetik (DNA) dari sampel biologis yang rusak, terdegradasi, atau berukuran sangat kecil. Dalam aplikasi biologi molekuler modern, kualitas dan kuantitas DNA recovery sangat memengaruhi keberhasilan analisis lanjutan seperti PCR, qPCR, digital PCR, NGS, hingga long-read sequencing.
Tantangan dalam DNA recovery
Seiring berjalanannya waktu atau akibar paparan lingkungan ekstrem (seperti panas, kelembapan, dan aktivitas mikroba), DNA pada sampel (seperti tulang, gigi, atau jaringan lunak) akan mengalami degradasi atau terpotong-potong. Hal ini menyulitkan proses amplifikasi (perbanyakan DNA) seperti PCR.
Faktor yang mempengaruhi DNA recovery
(1) Jenis Sampel
(2) Ukuran Fragmen DNA
DNA berukuran panjang sangat rentan terhadap shear stress.
Aktivitas yang dapat menyebabkan fragmentasi:
- vortex kuat
- pipetting berulang
- penggunaan standard bore tip
Karena itu dapat digunakan: wide bore tips, low retention consumables, gentle mixing.
Untuk aplikasi long-read sequencing seperti:
- Oxford Nanopore Technologues
- PacBio SMRT sequencing
integritas DNA menjadi sangat penting.
(3) pH dan ionic strength
DNA berikatan optimal dengan silika pada:
- kondisi chaotropic salt tinggi
- pH rendah hingga netral
Perubahan pH dapat memengaruhi:
- binding efficiency
- elution efficiency
(4) Volume elusi
(5) Adsorpsi DNA pada plastik
DNA dapat menempel pada permukaan tabung dan pipette tips. Karena itu digunakan:
- low-binding tubes
- low-retention tips
terutama pada sampel DNA konsentrasi rendah.
Minimalisir kehilangan sampel dan maksimalkan recovery asam nukleat yang berharga dengan tabung Eppendorf LoBind®. Dengan kombinasi teknologi manufaktur yang unggul dan polypropylene berkualitas tinggi, tabung LoBind® mampu memberikan hampir 100% recovery molekul DNA dan RNA tanpa perlu pelapisan permukaan.
Eppendorf LoBind® Tubes memiliki kualitas tinggi dan cocok digunakan untuk berbagai aplikasi termasuk analisis forensik, microarray, dan next-generation sequencing (NGS). Tabung LoBind® menjalani pengujian batch yang ketat serta sertifikasi oleh laboratorium independen untuk memastikan bebas dari DNA, DNase, RNase, dan inhibitor PCR.
Eppendorf DNA LoBind® tersedia dalam berbagai format —mulai dari tabung standar hingga microplate dan deep well plate —untuk memenuhi kebutuhan spesifikasi Anda, baik untuk volume sampel rendah maupun kebutuhan throughput tinggi.
Tingkat recovery DNA yang sangat tinggi
Eppendorf LoBind® Tubes mampu merecovery hingga 99% DNA, terlepas dari suhu dan waktu inkubasi, dibandingkan dengan tabung kompetitor. Grafik menunjukkan tingkat recovery DNA (0.2 ng/µL DNA fragment (130 bp, 32P labeled) in 2.5 M NaCl/TE buffer) pada Eppendorf LoBind® Tubes dan tabung kompetitor setelah berbagai kondisi inkubasi.
Persiapan standar DNA —larutan stok DNA genomik diencerkan secara serial 10 kali lipat di dalam tabung low-bind kompetitor atau Eppendorf DNA LoBind® Tubes. Aliquot 22 uL dari setiap pengenceran disimpan selama 24 jam pada suhu -80 °C sebelum dianalisis menggunakan real-time PCR. Sampel yang disimpan dalam Eppendorf LoBind® Tubes menunjukkan efisiensi PCR yang lebih tinggi dibandingkan kompetitor.
Evaluasi konsistensi Eppendorf LoBind® Tubes dalam persiapan dan penyimpanan standar untuk kuantifikasi absolut real-time PCR menunjukkan bahwa rendahnya adsorpsi DNA pada LoBind® Tubes meningkatkan kualitas kurva standar dan kuantifikasi DNA pada sampel yang diuji.
Social media kami:
WhatsApp: wa.me/628111781333
Email: sales@ibs.co.id
Instagram: https://www.instagram.com/infiniti.ibs/
LinkedIn: https://www.linkedin.com/company/infiniti-ibs
