Pos

Perbedaan PCR konvensional dan RT PCR

/0 Comments/in /by

Pesatnya perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi saat ini, cukup memengaruhi perkembangan bioteknologi modern. Bioteknologi modern merupakan penggunaan teknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA. Dasar manipulasi DNA ini, dilakukan dengan memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda, yaitu bakteri, hewan, dan tumbuhan. Salah satu, metode bioteknologi yang sedang marak digunakan, yaitu PCR konvensional dan realt time (qPCR). Lalu, apakah perbedaan PCR konvensional dan real time (qPCR)?

Apa itu PCR?

PCR (polymerase chain reaction) ialah teknik perbanyakan (replikasi) fragmen DNA yang melibatkan enzim polymerase dan dilakukan secara berulang-ulang. Fragmen DNA yang diperbanyak dilakukan secara selektif dan spesifik oleh primer sepasang oligonukleotida. Teknik ini, dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1983.

Teknologi PCR memberikan dampak cukup signifikan di awal dekade penemuannya. Hal ini dikarenakan, terdapat banyak manfaat yang dirasakan oleh pelbagai sektor kehidupan, misalnya kesehatan, lingkungan, dan pertanian. 

Bahkan, teknologi ini telah berhasil menyelesaikan kode genetika manusia. Hal tersebut, ditunjukkan dengan hadirnya berbagai jenis obat-obatan, spesies-spesies yang berhasil diidentifikasi, dan adanya cara penanganan penyakit berbahaya, seperti kanker.

Baca juga: Prinsip PCR dan Tahapannya

PCR Konvensional 

PCR konvensional umumnya hanya menggunakan satu pasang primer oligonukleotida untuk mengamplifikasi bagian tertentu dari genom agen infeksi serta dilakukan pada satu tabung. Dapat dikatan pula bahwa, pcr konvensional menganalisis deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi sehingga pengamatan perlu dilakukan dengan elektroforesis.

Real Time PCR

Metode ini, adalah hasil perkembangan reaksi PCR dan dikenal dengan quantitative real time polymerease chain reaction (qPCR). Dalam hal ini, konversi RNA menajdi cDNA digenerasi menggunakan enzim reverse transcriptase sehingga dapat menjadi template reaksi. qPCR kerap digunakan dalam metode penelitian diagnose penyakit yang berhubungan dengan virus RNA, kanker, dan penyisipan gen.

Baca juga: Macam-macam metode PCR 

Sebenarnya, ekstraksi yang dilakukan baik pada metode PCR konvensional maupun real time ialah sama. Sebab, proses ini dilakukan untuk memisahkan asam nukleat (DNA/RNA) patogen dari sel inangnya. Akan tetapi, yang membedakan ialah metodenya.

Perbedaan PCR Konvensional dan Real Time PCR (qPCR)

  1. PCR konvensional hanya dapat mendeteksi ada atau tidaknya suatu kandungan dan mikroorganisme dalam sebuah sampel, contoh mengetahui kandungan babi dalam suatu makanan, virus serta mikroorganisme lain dalam makanan. Tidak hanya itu, PCR konvensional juga dapat digunakan untuk GMO (Genetically Modified Organism).

Hal ini, berbeda dengan Real Time PCR atau disebut dengan Quantitative PCR (qPCR) yang mana tidak hanya digunakan untuk mendeteksi namun dapat mengetahui jumlahnya. Salah satu penggunaannya ialah mengetahui jumlah suatu organisme pathogen dalam bahan pangan sehingga dapat diketahui makanan tersebut apakah masih layak atau tidak.

  1. PCR konvensional umumnya menggunakan elektroforesis gel agarose untuk visualisasi hasil amplifikasinya sehingga membutuhkan waktu untuk elektroforesis setelah melakukan serangkaian tahapan PCR. Akan tetapi, real time PCR lebih unggul akibat sistem pengukuran analisis yang menggunakan probes sehingga dapat diukur pada tiap siklus reaksinya.
  2. Amplifikasi deteksi PCR konvensional berdasarkan visualisasi band agar elektroforesisnya dapat menunjukkan hasil bervariasi sehingga pembacaannya kerap kali kurang tepat. Real time PCR menggunakan biomarker berupa fluorescent sehingga dapat memperlihatkan hasil lebih nyata sebab pewarnaan dan memiliki sensitifitas yang tinggi dan linearitas cukup luas untuk menjadikan hasil penentuan kandungan DNA atau RNA sangat akurat.
  3. Kekurangan PCR konvensional lainnya, yaitu batas deteksi atau batas kuantitasi kandungan DNA dalam sampel tidak cukup rendah dan rentang linearitas yang tidak cukup luas. Real Time PCR pada tahap deteksi dan pengadaan materi dilakukan secara bersamaan. Deteksi produk PCR dilakukan pada fase eksponensial sehingga hasil yang diperoleh berada pada rentang daerah dengan repeatability hasil tinggi.

Dengan demikian, perbedaan perbedaan PCR konvensional dan Real Time PCR memiliki kelebihan dan kekurangannya tersendiri. Di samping itu penggunaan PCR konvensional maupun real time dapat disesuaikan dengan kebutuhan dan minat pengguna. Sebab, kedua mesin tersebut memiliki keunggulannya masing-masing.