Macam-Macam Metode PCR

Banyak berbagai macam macam pcr dengan metode yang saat  ini  sudah  cukup  canggih,  namun  masih  dapat  dimodifikasi  sehingga memberikan  hasil  yang  lebih baik  lagi.

Berikut ini  macam-macam tipe metode PCR dan modifikasi nya:

PCR Konvensional

Polymerase chain reaction (PCR) konvensional adalah proses di mana tahap perbanyakan materi genetik dan tahap

deteksi produk dilakukan secara berturut-turut, yaitu tahap deteksi dilakukan bila

tahap perbanyakan materi genetik telah selesai. Reaksi PCR konvensional biasanya

menggunakan satu pasang primer oligonukleotida untuk mengamplifikasi bagian tertentu dari genom agen infeksi serta dilakukan pada suatu tabung. Primer PCR adalah

oligodeoksiribonukleotida pendek, atau oligomer yang dirancang untuk melengkapi

urutan akhir sekuen dari amplikon target PCR dan digunakan untuk mengawali sintesis

rantai DNA. Pada analisa konvensional ini, deteksi keberadaan DNA dilakukan pada akhir reaksi dan pengamatan masih harus dilakukan dengan elektroforesis.

Real-Time PCR

Real-Time PCR merupakan suatu metode analisa yang dikembangkan dari reaksi PCR. Real time ini juga dikenal sebagai quantitative real time polymerase chain reaction atau q-PCR. Teknik ini dapat digunakan untuk mengamplifikasi sekaligus menghitung jumlah target  molekul  DNA  hasil  amplifikasi  tersebut.  Prinsip utama Real-Time PCR yaitu menggunakan biomarker berupa pewarna fluorescent untuk memberi pelabelan pada oligonukleotida yang akan ditambahkan pada reaksi.

Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

Teknik dasar yang digunakan dalam Reverse-Transcriptase PCR (RT-PCR) adalah modifikasi dari PCR konvensional. Molekul RNA sebagai template dikonvermasi menjadi DNA komplementer (cDNA) sebelum diperbanyak (amplifikasi). Konversi RNA menjadi cDNA digenerasi menggunakan enzim reverse transcriptase, sehingga dapat menjadi template reaksi. Tipe ini biasa digunakan dalam metode penelitian penyisipan gen, diagnosa penyakit yang berhubungan dengan virus RNA dan kanker.

Nested PCR

Nested PCR adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNA menggunakan

bantuan enzim DNA polimerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen. Dengan menggunakan Nested polymerase chain reaction, jika ada fragmen yang salah diamplifikasi, maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua kalinya oleh primer yang kedua. Dengan demikian, metode ini sangat spesifik dalam melakukan amplifikasi.

Multiplex-PCR

Jenis ini digunakan untuk mengamplifikasi banyak target fragmen DNA dalam satu kali reaksi PCR. Kuncinya adalah penggunaan primer dalam jumlah banyak yang telah dioptimasi berdasarkan suhu terbaik dari masing-masing primer. Metode ini biasanya diaplikasikan dalam banyak studi genotiping, mutasi, dan analisis polimorfisme, analisis STR (Short Tandem Repeat) mikrosatelit, deteksi patogen dan GMO. Di laboratorium dapat digunakan sebagai dasar membedakan terhadap jenis-jenis bakteri penyebab penyakit yang sama.

PCR-ELISA

PCR-ELISA merupakan metode yang digunakan untuk menangkap asam nukleat yang meniru prinsip dari Enzyme Linked Immunosorbant Assay (ELISA) yang terkait. Di dalam suatu pengujian hibridisasi hasil produk dari PCR akan terdeteksi dengan metode ini. Dengan metode ini dapat dilakukan pengukuran sekuen internal pada produk PCR.

Metode menangkap asam nukleat yang meniru prinsip dari Enzyme Linked Immunosorbant Assay (ELISA) ini lebih dipilih karena lebih murah dibandingkan metode Real Time.

Touchdown PCR

Sebuah  modifikasi yang  mencegah  amplifikasi  sekuens  nonspesifik dengan mempermainkan suhu annealing.  Sebuah varian dari PCR yang bertujuan untuk mengurangi  latar  belakang  spesifik  secara  bertahap  menurunkan  suhu  annnealing selama proses berlangsung. Suhu anil pada awal siklus biasanya beberapa derajat (3-5 ° C)  di  atas Tm  primer  yang  digunakan,  sedangkan  pada  siklus  kemudian dilanjutkan dengan beberapa derajat (3-5°C) di bawah Tm primer. Suhu tinggi memberikan spesifisitas yang lebih besar untuk primer mengikat, dan suhu yang lebih rendah memungkinkan amplifikasi lebih efisien dari produk tertentu yang terbentuk selama siklus awal.

Jika Anda membutuhkan alat PCR, silahkan kunjugi ibs.co.id Disini kami jual alat pcr dan berbagai peralatan bioanalitika lainnya. Tunggu apalagi, ayo kunjungi website kami.