Tahapan dan Proses Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA dapat dilakukan dengan beberapa proses atau cara. Terdapat beberapa metode yang bisa dilakukan untuk ekstrasi DNA. Metode konvensional maupun metode menggunakan kit yang diprosuksi. Penggunaan teknik isolasi DNA dengan kit dan manual memiliki kelebihan dan kekurangan. Metode konvensional memiliki kelebihan harga lebih murah dan digunakan secara luas sementara kekurangannya membutuhkan waktu yang relatif lama dan hasil yang diperoleh tergantung jenis sampel.

Tahapan Isolasi DNA

Isolasi jaringan

Tahap pertama dari proses yang dilakukan yaitu mengisolasi jaringan yang ingin digunakan.

Pelisisan dinding dan membran sel

Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan proses metode freezing-thawing dan iradiasi. Cara lain yakni dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik atau sentrifugasi dengan kecepatan lebih dari 10.000 rpm. Inti sel harus dilisiskan, karena substansi gen yang diinginkan ada didalamnya.

Pengekstraksian dalam larutan

Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi di dalam larutan. tujuan dari proses ini adalah untuk mendapatkan ekstrak.

Purifikasi

Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstraksi dari zat-zat lainnya. Pada larutan tersebut kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. Hal tersebut bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh.

Presipitasi

Pada tahapan presipitasi ini, DNA yang terpresipitasi akan terpisah dari residu-residu RNA dan protein yang masih tersisa. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi protein terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih rendah, sehingga menyebabkan protein mengendap. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 13.000 rpm. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas.

Isolasi DNA juga dapat dilakukan dengan menggunakan kit yang sudah diproduksi oleh beberapa perusahan untuk mempermudah dan mempercepat proses isolasi DNA. Kit isolasi juga disesuaikan dengan kebutuhan oleh konsumen dan jenis sel yang akan digunakan.

Biasanya, DNA yan diekstrak ini akan doproses akan digunakan untuk analisa PCR atau Polymerase Chain Reaction dengan mesin PCR. yang merupakan teknik untuk membuat salinan DNA. Dengan alat ini memungkinkan sejumlah kecil sekuens DNA tertentu disalin(hingga berkali-kali) untuk diperbanyak, sehingga dapat dianalisa, atau dimodifikasi dengan cara tertentu.

Ada beberapa tahap PCR, seperti berikut ini:

• Denaturasi
• Penempelan primer
• Reaksi polimerisasi (extension)

Ketiganya akan dilalui untuk bisa mendapatkan sampel DNA yang bisa di analisa dengan baik dan benar. Banyaknya amplifikasi tergantung pada konsentrasi DNA target yang akan digunakan. Setelah diperoleh molekul-molekul DNA dalam jumlah yang sesuai, maka DNA tersebut dapat diamati dengan menggunakan cara elektroforesis gel, analisis fragmen restriksi, atau metode Sanger.

Jika Anda membutuhkan alat PCR ini namun masih bingung harus kemana mencarinya, silahkan kunjugi ibs.co.id Disini kami jual alat pcr dan berbagai peralatan bioanalitika lainnya. Tunggu apalagi, ayo kunjungi website kami.