Kontaminasi di Laboratorium PCR

Tiap laboratorium memiliki risiko kontaminasi yang berbeda sebab penggunaan sampel dan pelbagai reagen yang berbeda. Salah satu, laboratorium yang memiliki tingkat kontaminasi cukup membahayakan ialah laboratorium PCR.

Hal ini dikarenakan, sampel yang digunakan dalam laboratorium PCR adalah DNA atau RNA. Kedua sampel tersebut memiliki tingkat kerawanan cukup tinggi akan terjadinya kontaminasi.

Kontaminasi di laboratorium

Salah satu, contoh pengerjaan yang dilakukan di laboratorium ini, yaitu tes PCR. Mekanisme dari tes tersebut, yakni dengan melakukan amplifikasi atau perbanyakan segmen pendek sekuen DNA yang menghasilkan kopi DNA/RNA atau disebut amplikon.

Sayangnya, jika penanganan hal tersebut tidak tepat maka akan menghambat pekerjaan di lab dan mendapatkan risiko hasil palsu. Untuk itu, terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan, di antaranya.

• Sumber kontaminasi laboratorium PCR

Kontaminasi silang dari penggunaan perlatan dapat memengaruhi hasil dari pengujian di laboratorium. Selain itu, jika laboratorium terkontaminasi proses dekontaminasi membutuhkan biaya cukup banyak dan memakan waktu.

Dampak lain dari hal ini dapat menghambat pemeriksaan dan menimbulkan back log. Beberapa sumber kontaminan umumnya, dimulai dari penanganan specimen yang kurang steril, kontaminasi aerosol, kontaminasi dari berbagai permukaan alat di lab, dan regaen.

Tak hanya itu, bahan habis pakai yang digunakan serta kecelakaan kerja di laboratorium merupakan sumber kontaminasi yang kerap terjai di laboratorium PCR. Pencegahan yang dapat dilakukan, yaitu membuat desain, struktur organisasi, dan mengikuti SOP praktik kerja laboratorium dengan tepat.

• Desain laboratorium

Desain mengenai tata letak laboratorium perlu diperhatikan dan disesuaikan dengan kebutuhan pengujian. Desain laboratorium untuk pemeriksaan PCR pada prinsipnya terbagi atas tiga area, antara lain.

1. Ruang preparasi reagen, ruangan ini digunakan untuk preparasi master mix PCR. Karenanya, ruangan ini merupakan area bersih dan bebas dari bermacam agen biologis, contohnya RNA, DNA, sampel, kultur, produk PCR.
2. Ruang ekstraksi dan penambahan sampel, ruang ini berfungsi untuk mengekstraksi asam nukleat dan memasukkan sampel. Bahkan, digunakan pula untuk menambahan control negatif pada tube PCR mix yang telah disiapkan dari ruang preparasi reagen. Berikutnya, seluruh spesimen diharuskan untuk langsung masuk ke dalam ruangan dan tidak boleh ada sampel klinis yang masuk ke ruangan ke dalam ruangan amplifikasi.
3. Ruang amplifikasi atau posit amplifikasi, dalam ruangan ini terdapat mesin PCR untuk amplifikasi DNA/RNA. Kontrol positifpun ditambahkan pula di ruangan ini.

Tiap alur kerja yang ada di laboratorium PCR perlu dilakukan secara searah. Hal ini betujuan, agar tidak terjadinya kontaminasi silang dan efektivitas waktu. Selanjutnya, masing-masing ruangan perlu memiliki alat-alat tersendiri untuk preparasinya sehingga tidak boleh menggunakan perangkat dari ruangan lain sebab dapat meningkatkan risiko kontaminasi.